水利水電工程通常不直接產生污染問題，屬非污染生態項目，其影響的對象主要為區域生態環境。水利水電工程的環境影響區域一般可分為庫區、大壩施工區、壩下游區。庫區的環境影響主要源于水庫淹沒和移民安置、水庫水文情勢的變化，受影響最大和最為重要的通常是生物多樣性、水質、水溫、環境地質、景觀、人群健康、土壤侵蝕、土地利用、社會經濟等因子，受影響的性質多數為不利影響；壩下游區的環境影響主要源于大壩調蓄引起的水文情勢變化，受影響的主要是水文、河勢、水溫、水質、水生生物、濕地資源、入海河口生態環境、社會經濟等因子，影響的性質有利有弊，影響的時間一般是長期的，影響的范圍因區域的特點不同各異，有時可延伸至河口區。水利水電工程的環境影響，有些是不可避免的，有些通過采取一定的措施可以避免或減小。水利水電工程環境管理是避免或減小工程不利環境影響的有效方式，而環境監測則可為工程的環境管理提供依據。因此，制訂水利水電工程的環境管理與監測計劃是工程規劃和設計的重要內容，在項目可行性研究階段的環境影響報告書和初步設計階段的環境保護初步設計中均需要詳細地擬訂并列出有關內容。
2 水利水電工程對環境影響的具體問題分析
2.1 因水庫淹沒，庫區移民安置中毀林開荒將造成水土流失。因安置不當及生活環境改變，移民生活不安定會產生一些社會問題。在我國人多、耕地少的條件下，應盡量減少水庫的淹沒損失，對庫區內盡在高水位時才被淹沒的土地適當采取措施加以利用。
2.2 水庫蓄水后，有可能引起庫岸崩坍，誘發地震等。此外，河流情勢變化對壩下與河口水體生態環境產生潛在影響。岸坡浸水后，巖體的抗剪強度降低，在水庫水位降落時，有可能因喪失穩定而坍滑。將給工程的正常施工和運行帶來極為不利的后果。
2.3 水庫蓄水后，會引起庫周圍地下水位抬高，導致土地鹽堿化等。
2.4 水庫蓄水后，因水流變緩，水體稀釋擴散能力降低，水體中污染物濃度增加，庫尾與一些庫灣易發生富營養化。
2.5 一些水庫蓄水后，水溫結構發生變化，可能出現分層，對下游農作物產生危害。
2.6 水庫淹沒會影響陸生生物的生活環境；修壩對水生生物特別是洄游性魚類將產生直接影響。
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